Das neueste Spiel in der Paper Mario-Serie. Begleite Mario und seine Freunde erneut in einem brandneuen Abenteuer, um Farbe in die Welt zurückzubringen!

An einem dunklen stürmischen Abend findet Mario Prinzessin Peach und Toad an seiner Tür. Überrascht lässt er sie herein und erhält einen mysteriösen Brief. Der Brief enthält eine leere Farbdose. Der Stempel auf dem Brief zeigt Prism Island und Mario und Co. machen sich schnell mit einem Boot dorthin auf, selbst während sie durch einen Sturm reisen. Bei der Ankunft ist der Stadtplatz verlassen und ein Großteil der Farbe wurde abgesaugt. Dann verlässt Toad die Gruppe, während Mario und Peach bald auf Huey treffen, einen mysteriösen dreidimensionalen Farbeimer. Sie hören einen Schrei und Mario, Huey und Prinzessin Peach machen sich schnell auf den Weg zum Geräusch, nur um einen Schleimkerl zu finden, der Farbe von Toad absaugt. Nachdem die Farbdose wiederhergestellt ist und Mario Huey zu einem zweidimensionalen Objekt drückt, machen sie sich auf die Suche nach dem Täter.