Als die Menschheit in diese neue Ära eintrat, begannen wahnsinnige Mutanten, bekannt als "Andere", vom Himmel herabzusteigen, getrieben von einem Durst nach menschlichen Gehirnen. Besonders widerstandsfähig gegen konventionelle Angriffsmethoden, waren extreme Maßnahmen erforderlich, um die überwältigende Bedrohung zu bekämpfen und die Menschheit zu bewahren. Menschen mit extrasensorischen Fähigkeiten, bekannt als Psioniker, waren die Chance, den Angriff von oben abzuwehren. Bis heute wurden Psioniker aufgrund ihrer Talente gescoutet und in die Other Suppression Force (OSF) rekrutiert, die letzte Verteidigungslinie der Menschheit.
Übernimm die Rolle von Yuito Sumeragi, einem neuen Rekruten der OSF, der bestrebt ist, ein Top-Psioniker zu werden, wie derjenige, der ihn als Kind gerettet hat. Bewaffnet mit der Fähigkeit der Telekinese, erkunde die futuristische Stadt New Himuka und enthülle die Geheimnisse einer Brain Punk-Zukunft, die zwischen Technologie und psychischen Fähigkeiten gefangen ist, in SCARLET NEXUS.